Botanikos sodui vadovaujant prof. K. Regeliui, naujai įkurto sodo projektas patikėtas vokiečiui C. Rauth’ui. Prieš I pasaulinį karą Latvijoje, Rygoje, gyvenęs C. Rauth’as suplanavo daug dvarų parkų. Jo atliktas Botanikos sodo projektas buvo vykdomas visą tarpukarį. 1924 m. C. Rauth’o sudarytas naujas Botanikos sodo planas buvo ašinės kompozicijos Šiaurė–Pietūs principu: vienoje ašyje išdėstyti numatyti rekonstruoti dvaro pagrindiniai rūmai, tvenkinio viduryje stovinti dvaro laikų ledainė ir simetriško plano šiltnamiai, už kurių suprojektuota pergolė (treljažas), pro kurios centrą takas vedė į rožyną ir toliau į parką. Projekto autorius panaudojo buvusius dvaro parko elementus: kelius, tvenkinius, įvažiavimus bei retesnius parke augusius augalus bei vakarinėje pusėje buvusią medžių alėją. Šiaurinėje pusėje buvo numatytas taisyklingai suplanuotas želdynas, savo forma panašus į labirintą. Botanikos sode medinė pergolė pastatyta 1926–30 m.
Pergòlė (it. pergola < lot. pergula — altana) – apželdinta parko ar sodo pavėsinė su kolonomis arba stulpais, ažūriniu (grotų pavidalo) stogu arba skersinių sijų perdanga. Pergolė kildinama iš Italijos, nuo XVII a. vid. buvo naudojama ir Anglijoje. Pergolėmis buvo formuojami pavėsingi praėjimai, lapų dengiami tuneliai. Ji egzistavo kaip atskiras sodo ar parko elementas. Šio statinio struktūra – dažniausia medinių vertikalių ir horizontalių sijų konstrukcija. Pietų kraštuose pergolės tradiciškai apsodinamos vynuogėmis arba rožėmis.
Botanikos sode medinė pergolė išstovėjo iki II pasaulinio karo. Manoma, kad karo metais ji galėjo būti sukūrenta. Pokaryje atstatyta baltų silikatinių plytų ir gerokai mažesnė nei prieš karą.
2016 m. VDU Botanikos sode pradėti tradicinės medinės pergolės atstatymo darbai – tokios, kokia buvo pastatyta 1926–30 m. Statinys suprojektuotas kaip ilga galerija, iš vidaus atvira, iš išorės – juosiama medinės tvorelės. Piečiausiame pergolės kampe, kur atsiveria gražiausias vaizdas, rengiama apžvalgos aikštelė – praplatintas kampinis pergolės segmentas. Pietvakarinėje kraštinėje pergolę kerta į oranžeriją vedantis takelis. Čia numatytas prailgintas segmentas su varteliais. Kampinio segmento praplatinimas, dekoratyvinės tvorelės prailginimas ties išėjimu buvo ir tarpukariu statytoje pergolėje. Kuriant į pirminį panašų pergolės vaizdą, remtasi išlikusiomis tarpukario fotografijomis – sukurtos panašios elementų proporcijos bei dekoratyviniai elementai.
Prie didžiausią Lietuvos rožyną juosiančios pergolės buvo pasirinkta sodinti laukinių rūšių ir jų hibridų augalus nerėksmingais baltais, gelsvais žiedais. Augdamos raganės ne tik dailiai uždengs pergolę, bet ir žydėdamos sukurs švelnų foną įvairiaspalvėms rožėms bei jų neužgoš.
