Vytauto Didžiojo universiteto botanikos sodo nuostatuose pažymima, kad vienas iš Botanikos sodo veiklą organizuojančių valdymo organų – VDU Kauno botanikos sodo Taryba. Ji renkama vadovaujantis Universiteto fakultetų ir jiems prilygintų akademinių padalinių tarybų sudarymo nuostatais. Taryba sudaroma 5 metų laikotarpiui iš dėstytojų, mokslo darbuotojų ir kitų Botanikos sodo darbuotojų, pripažintų menininkų ir studentų.
Taryba sudaroma iš 9 narių. Ne mažiau kaip 2/3 Botanikos sodo Tarybos narių sudaro mokslininkai. Botanikos sodo direktorius yra Tarybos narys pagal pareigas. Po vieną narį į Botanikos sodo tarybą deleguoja Universiteto Studentų atstovybė ir Universiteto Gamtos mokslų fakultetas. Vieną narį renka Botanikos sodo botaninių kolekcijų kuratorių susirinkimas. Likusius Botanikos sodo tarybos narius iš Botanikos sodo mokslo darbuotojų, kitų Universiteto padalinių mokslo darbuotojų, Universiteto absolventų, dirbančių kitose institucijose ar Universiteto socialinių partnerių renka Botanikos sodo mokslo darbuotojų susirinkimas. Taryba pirmajame posėdyje išrenka pirmininką, kuriuo negali būti Botanikos sodo direktorius.
Botanikos sodo Taryba teikia rektoriui pasiūlymus dėl organizacinės Botanikos sodo struktūros, veiklos krypčių formavimo, darbo apmokėjimo principų; svarsto ir tvirtina Botanikos sodo nagrinėjamų mokslinių darbų temas ir jų rezultatus; teikia pasiūlymus Universitetui dėl Botanikos sode kaupiamo nacionalinio turto (kolekcijų, duomenų bankų ir kt.) išsaugojimo, naudojimo visuomenės reikmėms ir gausinimo; viešo konkurso būdu slaptu balsavimu (paprasta balsų dauguma) renka mokslo darbuotojus ir jaunesniuosius mokslo darbuotojus; renka Botanikos sodo atstovus į Universiteto Senatą.
