VDU Kauno botanikos sodo teritorijoje vykdomi medžių kirtimai yra viena išsaugojimo priemonių: kiti augalai yra saugomi nuo užkrečiamų ligų ar kenkėjų. Be abejonės, šiuo būdu užtikrinamas ir sodo lankytojų saugumas.
Vytauto Didžiojo universiteto arboretumas – vienas iš seniausių Lietuvoje, kai kurie medžiai sodinti dar paties prof. K. Regelio (pvz. „gyvatšakės“ eglės (Picea abies ‘Virgata’) spygliuočių kolekcijoje sodintos 1926 m.). Daugelio Aukštosios Fredos dvaro parko senųjų uosių ir klevų amžius siekia 1923 m. Visi medžiai senoliai yra verti pagarbos, apsaugos bei geros priežiūros. Anot specialistų, nemaža dalis Botanikos sodo arboretumo medžių yra sulaukę savo gamtinės brandos bei apsikrėtę įvairiomis ligomis ar nualinti kenkėjų, kiekvienu atveju atsakingai sprendžiama, kokių priemonių imtis: jei įmanoma išsaugoti juos, jei ne – pašalinti.
Bandoma kovoti su kenkėjais ekologinėmis priemonėmis – gaudant juos gaudyklėmis (2015 m. buvo kabinamos žievėgraužių tipografų ir keršakandžių gaudyklės). Ypač vertingus medžius bandoma apsaugoti pirmiausia išgenint pažeistas šakas, ištiriant dirvos maisto medžiagų sankaupas ir, jei reikalinga, supurenant bei tręšiant dirvožemį po šiais medžiais). Pavyzdžiui, 2015 m. agrolaboratorijoje ištirti dirvožemio mėginiai atskleidė jog kalio, fosforo judrių junginių kiekiai yra pakankami užtikrinti gerą tulpmedžių bei veimutinių pušų augimą.
Kai medžiai yra labai prastos sanitarinės būklės, konsultuojamasi su Kauno botanikos sodo fitopatologijos specialistėmis bei, esant poreikiui, su Lietuvos miškų instituto entomologais ir pirmiausia vadovaujamasi jų rekomendacijomis. Yra gautos rekomendacijos po truputį parengti senojo arboretumo atnaujinimo planą, nes ankščiau ar vėliau reikės pakeisti gamtinę brandą sulaukusius medžius jaunais sodinukais. Prieš pradedant vykdyti kirtimus, numatomi kirsti medžiai visada apžiūrimi iš įvairių sektorių specialistų sudarytos VDU Kauno botanikos sodo medžių kirtimų komisijos. Kiekvienam kirstinam medžiui, kurio skersmuo yra didesnis nei 15 cm, gaunami kirtimų leidimai iš Kauno miesto savivaldybės, kuri prieš tai juos suderina su Kultūros paveldo departamentu. Taip pat prieš vykdant medžių kirtimus vertingose arboretumo kolekcijose konsultuojamasi su arboristikos specialistais, kaip pašalinti medžius nepažeidžiant kitų šalia augančių vertingų kolekcinių augalų.
